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輔導課程按需要開設於日間或夜間，每年最少開辦四科，修滿12個輔導科目，共36個學分，兩至五年內可以修畢。
若報讀者未有神學學士或相關學歷，需修讀四科有關聖經、神學科目。凡持有神學學士或相關學歷者可以豁免。有關科目可以在本院日校或晚間文學碩士(聖經研究)課程修讀。
目的
本課程以聖經和神學為基礎，為教牧及信徒領袖提供基礎及實用的輔導知識和技巧，從以將所學的理論和輔導技巧在教會中實踐。
對象
對基督教輔導學有興趣，並願意將所學用於教會牧養的教牧及事奉人員。
修讀科目
聖經、神學科目四科
基礎科目(必修)
選修科目
可選修以下三科:
其他相關科目：
*以上課程，學科及學分均可以申請認可安排
*本院保留最終科目改動的權利
修畢所需學分，而平均積點逹3.0或以上，完成一分神學與輔導的整合文章，可獲頒教牧輔導碩士學位。